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 Betreff des Beitrags: Re: Fiji und ImageJ als Hilfsmittel für Mikroskopiker
BeitragVerfasst: Mittwoch, 15. Juni 2016 21:11 
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Zitat:
Das sieht noch übel aus :D

Danke für die Disteln, äh, Blumen! :oops:
Zitat:
Aber es wird sicherlich um Klassen besser, wenn du deine neue Kamera hast!

Ich arbeite dran! ;)
Ich habe gebraucht eine Canon EOS 1000D gekauft, mit der wird es bald besser werden. :)

Danke für den Tip mit µ !

Eine Frage zu der Skala mit ImageJ: Ich bekomme nur einen waagerechten weißen Balken mit Längenangabe hin. Was mir noch lieber wäre, wäre eine Art Lineal, das ich auf die Sporen legen kann, in Längsrichtung und quer zur Spore, ungefähr wie in diesem Bild.
Zusätzlich kleine Teilstriche für einzelne µm wären ein nettes Feature. Geht das auch?

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 Betreff des Beitrags: Re: Fiji und ImageJ als Hilfsmittel für Mikroskopiker
BeitragVerfasst: Sonntag, 19. Juni 2016 10:14 
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Lauscher hat geschrieben:
Eine Frage zu der Skala mit ImageJ: Ich bekomme nur einen waagerechten weißen Balken mit Längenangabe hin. Was mir noch lieber wäre, wäre eine Art Lineal, das ich auf die Sporen legen kann, in Längsrichtung und quer zur Spore, ungefähr wie in diesem Bild.
Zusätzlich kleine Teilstriche für einzelne µm wären ein nettes Feature. Geht das auch?

Willst du nur messen oder das dauerhaft ins Bild brennen? Messen kannst du ja auch mit dem Linientool und Strg+M. Für das andere gibt es bestimmt ein Plugin, muss ich bei Gelegenheit mal nach gucken. Wenn es ohne die zusätzlichen Striche geht, kannst du ein Overlay machen und das später Einbrennen, das ist dann aber nur die nackte Linie, die du mit dem Linientool gezogen hast.


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 Betreff des Beitrags: Re: Fiji und ImageJ als Hilfsmittel für Mikroskopiker
BeitragVerfasst: Sonntag, 19. Juni 2016 14:02 
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Zitat:
Willst du nur messen oder das dauerhaft ins Bild brennen?

Messen geht ja jetzt schon super!
Mir geht es darum, die Maße auf den Sporen wie im Beispielbild dauerhaft einzubrennen. Auf den Sporen selbst ist eine Skala vllt. doch keine so gute Idee, da sie das Bild weiter verdeckt.
Für eine Maßstabsangabe am unteren Ende des Bildes, wie bei dem Bild der Hericium-Sporen, wäre ein Skala nicht zwingend nötig, aber schöner.

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 Betreff des Beitrags: Re: Fiji und ImageJ als Hilfsmittel für Mikroskopiker
BeitragVerfasst: Mittwoch, 22. Juni 2016 22:04 
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Eigentlich brauche ich nur die Skala, wie es jetzt schon möglich ist - nur läßt sie sich bislang ausschließlich waagerecht oder senkrecht zeichen, egal, was ich mit dem Linientool vorgebe.

Anbei ein Bild mit der neuen Kamera, Sporen vom Flockenstieligen Hexenröhrling, unbearbeitete RAW-Aufnahme:


Dateianhänge:
Dateikommentar: Sporen Flockenstieliger Hexenröhrling
Hexenröhrling_flockenstielig_Sporen_RAW.jpg
Hexenröhrling_flockenstielig_Sporen_RAW.jpg [ 464.33 KiB | 1624-mal betrachtet ]

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 Betreff des Beitrags: Re: Fiji und ImageJ als Hilfsmittel für Mikroskopiker
BeitragVerfasst: Freitag, 24. Juni 2016 17:25 
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Ui, mach doch mal einen Weißabgleich! Entweder in den Kameraeinstellungen vor der Aufnahme oder in der RAW-Bearbeitung später.

Eine einfache Linie kannst du als Overlay einbrennen. Du könntest auch das Plugin Figurej mal ausprobieren.


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 Betreff des Beitrags: Re: Fiji und ImageJ als Hilfsmittel für Mikroskopiker
BeitragVerfasst: Montag, 04. Juli 2016 18:23 
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So, ich hab FigureJ mal getestet. Damit ist es auch möglich, solche Balken einzufügen, wie du sie haben willst. Allerdings vielleicht nicht ganz so bequem und nicht so ganz ideal.


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 Betreff des Beitrags: Re: Fiji und ImageJ als Hilfsmittel für Mikroskopiker
BeitragVerfasst: Dienstag, 05. Juli 2016 06:53 
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Ich habe mal nach Figurj gesucht, es aber weder in imagej noch in Fiji finden können. War ich zu blöd zum suchen, oder muß ich es noch woanders her installieren?

Soo megawichtig ist das Feature auch nicht, ich fand das auf einigen Bildern einfach sehr nett, die Sporenmaße so direkt sehen zu können.

Ich habe jetzt ein paarmal Sporenproben zwecks Bestimmung/Absicherung vermessen. Dazu habe ich etliche Aufnahmen gemacht und zahlreiche Sporen so gemessen, wie Du es beschrieben hast. Aus der Meßwertetabelle konnte ich dann ablesen, wo ungefähr der häufigste Mittelwert liegt und welches die Maximal- und Minimalwerte waren. (Jeweils Länge und Breite)

Das funktioniert soweit ganz gut, ist aber zeitaufwändig. Imagej ist ja, soweit ich bisher verstanden habe, in der Lage, Strukturen/freiliegende Elemente zu erkennen und abzugrenzen.

Ich stelle mir gerade vor, daß ImageJ das Bild analysiert und anzeigt, was es als einzelne Elemente erkannt hat. Ich klicke diese Elemente an, und ImageJ mißt selbst Länge und Breite. ImageJ legt mir eine Tabelle an, zeigt mir Durchschnittswerte und Minimum/Maximum an und womöglich noch eine Grafik, die die Verteilung der Werte anzeigt.
Ist das möglich??? :D
(Selbst auswählen der Elemente halte ich für wichtig, da im Bild nicht nur Sporen zu sehen sind, und manchmal auch Sporen übereinander oder aneinander liegen und nicht mitgemessen werden sollen).

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 Betreff des Beitrags: Re: Fiji und ImageJ als Hilfsmittel für Mikroskopiker
BeitragVerfasst: Dienstag, 05. Juli 2016 09:20 
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Lauscher hat geschrieben:
Ich habe mal nach Figurj gesucht, es aber weder in imagej noch in Fiji finden können. War ich zu blöd zum suchen, oder muß ich es noch woanders her installieren?
Das ist ein Plugin, das muss man noch selbst installieren. So ganz zufrieden bin ich damit aber nicht. Für den Bereich Hobbymikroskopie ist das alles nicht optimal. Ich habe auch mal nach anderer Software geguckt, aber die Mikroskopie-Software der großen Hersteller ist meist sehr umfangreich und groß, das ist auch nicht ideal.
Zitat:
Das funktioniert soweit ganz gut, ist aber zeitaufwändig. Imagej ist ja, soweit ich bisher verstanden habe, in der Lage, Strukturen/freiliegende Elemente zu erkennen und abzugrenzen.
Das macht man mit Schwellenwerten. Dazu musst du erst mal dein Bild in ein 8-Bit-Graustufenbild umwandeln (Image->Type->8-bit) und dann mittels Schwellenwert (Image->adjust->Thresholding) ein Binärbild (Bitonbild) erzeugen. Dann kannst du z. B. mit Analyze->Analyze particles zählen. Da kann man auch verschiedene Parameter festlegen, z. B. die Größe (Fläche) der zu zählenden Partikel. Zur Kontrolle kann man sich das Ergebnis als Overlay anzeigen lassen. Aber Länge und Breite wird da eigentlich nicht vermessen. Kann sein, dass es die BioVoxxel-Toolbox (Plugin) kann, denn die hat einen extended particle analyzer, wo man einige Optionen mehr hat.

http://imagej.net/BioVoxxel_Toolbox#Ext ... e_Analyzer
Zitat:
Ich stelle mir gerade vor, daß ImageJ das Bild analysiert und anzeigt, was es als einzelne Elemente erkannt hat. Ich klicke diese Elemente an, und ImageJ mißt selbst Länge und Breite. ImageJ legt mir eine Tabelle an, zeigt mir Durchschnittswerte und Minimum/Maximum an und womöglich noch eine Grafik, die die Verteilung der Werte anzeigt.
Ist das möglich??? :D
Naja, nicht ganz so, wie du es haben möchtest.
Zitat:
(Selbst auswählen der Elemente halte ich für wichtig, da im Bild nicht nur Sporen zu sehen sind, und manchmal auch Sporen übereinander oder aneinander liegen und nicht mitgemessen werden sollen).
Das macht man in der Regel über Größe, Form und andere Parameter. Zusammenhängende Sporen kann man meist mit dem Watershed-Filter trennen, man sollte aber gucken, dass man ein möglichst gutes Präparat und Foto hinkriegt.

Kannst du mal ein Bild mit geringerer Vergrößerung machen und hier hochladen, wo deutlich mehr Sporen zu sehen sind?


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 Betreff des Beitrags: Re: Fiji und ImageJ als Hilfsmittel für Mikroskopiker
BeitragVerfasst: Dienstag, 05. Juli 2016 12:52 
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Soeben habe ich herausgefunden, wie ich FigureJ und BioVoxxel über die Fiji-Updates installieren kann. Update läuft. ;-)
Zitat:
Kannst du mal ein Bild mit geringerer Vergrößerung machen und hier hochladen, wo deutlich mehr Sporen zu sehen sind?

Gerne! Sporen, vermutlich vom Karbolegerling, plus eine hübsche Fremdspore:
Dateianhang:
Dateikommentar: Champignonsporen, vermutlich Karbolegerling
Champisporen.jpg
Champisporen.jpg [ 263.25 KiB | 1577-mal betrachtet ]

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 Betreff des Beitrags: Re: Fiji und ImageJ als Hilfsmittel für Mikroskopiker
BeitragVerfasst: Dienstag, 05. Juli 2016 19:39 
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Schönes Bild, aber da sind ja fast keine Probleme vorhanden. ;) Zumindest nicht in Form aneinanderhängender Sporen.

Gehen wir es mal durch. Also zum einen gibt es oft eine sog. Vignettierung, d.h. eine Abschattungen an den Rändern und vor allem in den Ecken. Sowas stört bei den Schwellenwerten und daher auch alles, was danach kommt. Diese Vignettierung kann man wieder heraus rechnen, wenn man ein ganz leeres Bild, also ohne Sporen hat und das von dem Bild mit den Sporen abzieht. Aber gut, das ist hier nicht das Problem. Du hast allerdings Schatten im Bild, wo ich nicht weiß, wo die her rühren.

Zum automatischen Zählen habe ich ja schon im Eingangsbeitrag was geschrieben. Ganz kurz in Stichworten zur Wiederholung:
1. Maßstab einstellen (das beschreibe ich mal nicht wieder im einzelnen)
2. Bild in 8-bit-Graustufenbild umwandeln
3. 8-bit-Bild mittels Schwellenwert in ein Bitonbild (binary image) umwandeln
3a. Um Löcher in einzelnen Sporen zu schließen: Process->Binary->Fill Holes
3b. Wenn einzelne Sporen aneinander hängen: Process->Binary->Watershed
4. Den Partikelzähler über Analyze->Analyze Particles starten. Ggf. vorher unter Analyze->Set Measurements die gewünschten Messgrößen auswählen

Nur auf die Parameter bin ich nicht eingegangen, aber die erklären sich mehr oder weniger von selbst. Man kann z. B. nach Größe Partikel ausschließen, also zu kleine oder zu große Partikel. Es würden dann nur die Partikel gezählt, deren Fläche innerhalb deiner Angaben ist. Schmutz und andere Partikel würden nicht gezählt. Es kann aber ja sein, dass da andere Strukturen im Bild sind, deren Fläche teilweise in etwa der einer Spore entspricht. Da die Form der Sporen mehr oder weniger einheitlich ist, kann man das über die "Rundheit" (Circularity) eingrenzen, so dass z. B. länglichere Partikel nicht gezählt würden, auch wenn sie die gleiche Fläche haben.

Der Extended Particle Analyzer von BioVoxxel hat noch ein paar Einstellungen mehr, aber da habe ich ja die Beschreibung bereits verlinkt.

Es gibt alle möglichen Plugins, die meist von Forschern geschrieben oder zumindest in Auftrag gegeben wurden. Wenn man die richtigen Suchworte eingibt, dann findet man oft schon was. Man kann aber auch im Forum von ImageJ oder Fiji Fragen stellen, z. B. wie man etwas macht oder ob es für etwas ein Plugin gibt. Für den Hobbymikroskoper gibt es vermutlich aber kein wirklich tolles Plugin, jedenfalls weiß ich (noch) von keinem. Den Forscher beschäftigen meist sehr spezielle Dinge und da reichen reproduzierbare Daten. Nur für Veröffentlichungen brauchen Forscher Bilder, die entsprechend beschriftet sind und einen Maßstabsbalken enthalten. Direkt im Bild an einer Spore wird eigentlich nie (oder nur selten) ein Maß angebracht, wie du es beschrieben hast. Aber prinzipiell finde ich die Idee für den Hobbymikroskopiker und den Austausch in Foren gar nicht schlecht, z. B. einen Maßstabsbalken mit einer zusätzlichen Skala zu versehen oder direkt im Bild zu vermessen und zu beschriften. Das geht zwar mit kommerzieller Software, die kostet aber eben auch Geld. Und vor allem ist die Profi-Software riesig und kann alles mögliche, von denen man als Hobbymikroskopiker nur wenige Dinge wirklich gebrauchen kann. Es gibt ja auch Mikroskope, die Hundertausende kosten, z. B. Konfokalmikroskope, aber die hat ja keiner zuhause. ;) Aber wenn du einen riesigen Download nicht scheust und genug Platz auf der Platte hast, dann kannst du ja mal die Profi-Software von Leica oder Zeiss ausprobieren. Die alte Zeiss-Software ist vielleicht sogar gut zu kriegen, da es ja von Zeiss die neue Zen-Software gibt.

Allerdings möchte ich auch nicht völlig ausschließen, dass es da was für Fiji oder ImageJ gibt. Ich hab im Moment nur Fij hier, ich glaube ImageJ hat sowieso ein paar Tools mehr, dafür aber viele andere, die zwar bei Fiji dabei sind, aber nicht in ImageJ. Kann man aber alles nachinstallieren, denn im Grunde ist Fiji nichts anderes als ImageJ mit ein paar Extras. Schöner wäre natürlich ein gut zu bedienendes Programm, dass alle Funktionen mit guter Usability vereint. Da habe ich bislang leider nichts wirklich Gutes gefunden, was nicht etliche Funktionen hat, die für den Normalanwender überflüssiger Ballast sind.

Edit: Hier noch der Link zur alten Zeiss-Software, die ist kostenlos verfügbar: http://www.zeiss.de/microscopy/de_de/pr ... #downloads
Und die kann definitiv auch beschriften und Balken irgendwo im Bild anbringen. Jedoch ohne Skalierung, soweit ich weiß.

Edit2: Die neue Software gibt es auch als "light" und dann kostenlos, aber die ist auch viel leistungshungriger und ich glaube nicht, dass die mehr kann, was dir nutzt: http://www.zeiss.de/microscopy/de_de/pr ... -lite.html


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